OrganizacijaRad Instituta ustrojen je po odjelima, znanstvenoistraživačkim jedinicama i pratećim službama. U Znanstveno-istraživačkom odjelu aktivno je sedam znanstvenoistraživačkih jedinica:
1. za srednjovjekovnu umjetnost Osim znanstvenoistraživačkog Institut ima Stručno-tehnički odjel koji se sastoji od četiri službe koje čine znanstvenu i stručnu infrastrukturnu podršku znanstvenoistraživačkom programu
1. arhitektonske službe i planoteke U sklopu trećeg Upravno-računovodstvenog odjela djeluju službe tajništva, računovodstva, nakladništva i druge specijalne službe. Upravno vijeće Instituta:
1. prof.dr.sc. Sanja Cvetnić, Filozofski fakultet, Zagreb |